JabRefは、BibTeXデータベースの内容を、グループ情報とともに、外部のMySQLやPostgreSQLデータベースに書き出すことができます。
ただし、MySQL若しくはPostgreSQLサーバーの全権限を持つユーザー名とパスワードを持っていることが必要です。
すると、JabRefは指定されたデータベースに接続し、新規テーブルを作成し、それらのテーブルに項目とグループ情報を格納します。それ以前に書き出したデータを失うことなく、好きなだけ多くのJabRef書誌情報データベースを書き出すことができます。システムは、フルパス(ディレクトリ構造+ファイル名)を使ってデータベースを一意に識別します。同じJabRefデータベースを二度以上書き出すと、SQLデータベース内のそのデータベースのデータが更新されます。なお、続けて書き出す場合には、接続情報を入力するようには促されません。別のデータベースに書き出したい場合には、ファイル→外部SQLデータベースに接続を選択して(若しくは対応するツールバーボタンを押して)、書き出しを実行してください。第2.8版以降では、テーブルはドロップされませんので、二つ以上のJabRefデータベースを同一のSQLデータベースに保管することができます。
SQLデータベースからデータベースを読み込む場合(ファイル→外部SQLデータベースから読み込む)には、読み込まれた各データベースを別々のタブに収録します。